日本橋小伝馬町の牢から出された一人の男。名は夏目影二郎という。

江戸に衝撃が走った！上州の侠客、国定忠治が押し込み強盗を働いたのだ。

「二十三年も前、余がまいた種の芽を摘み採ってきてほしい」。影御用を務めてきた夏目影二郎に新たなる命が下る。

幕府の練兵場から演習の最中、鉄砲十挺と設計図が盗まれた。

父・常磐豊後守秀信の影御用を務める夏目影二郎の前で巫女が襲われた。

夏目影二郎の元に、旧知の韮山代官・江川太郎左衛門からの依頼がきた。

鬼子母神の祭りの夜、夏目影二郎の目の前で二人の武士が斬られた。背後には御三家に配された五家の陰謀がちらつく。

天保の改革の煽りで料理茶屋「嵐山」までが営業停止に追い込まれた。

寛政五年十月、江戸を見舞った大火事のあと、吉原に大勢の客が押し寄せる。

夏目影二郎の住む長屋に、国定忠治の使いという男が現われた。

天保の改革の一環で贅沢が禁止されるなか、歌舞伎の名題役者、七代目市川團十郎が襲われた。

江戸・三十間堀の小さな町道場が、怪しい証文を盾にした男たちから狙われている。

京の袋物問屋の隠居・又兵衛と知り合った空也は、大和国室生寺に向かう一行と同道することになった。

吉原会所の裏同心神守幹次郎にして八代目頭取四郎兵衛は、九代目長吏頭に就任した十五歳の浅草弾左衛門に面会した。

京の都。祇園感神院の西ノ御門前で空也は、往来の華やかさに圧倒されていた。

勘定奉行である父秀信の秘命を帯び、関八州に巣くう公儀の敵を倒してきた夏目影二郎。最後の始末旅より七年。

父である大目付の常磐豊後守秀信から珍しく伊豆の遍路旅に誘われた夏目影二郎。

将軍の御社参を前に緊迫する日光で、死んだはずの国定忠治が目撃された。

安芸広島城下で空也は、自らを狙う武者修行者、佐伯彦次郎の存在を知る。

長く廓の用心棒であった神守幹次郎が吉原を率いる八代目頭取四郎兵衛に就任、御免色里の大改革が始まった。

数年にわたって修行の日々を過ごした西国を去ることに決め、福江島から船に乗り込んだ空也は、長州藩の萩城下に降り立った。

玖珠山中に暮らす刀研ぎの名人「滝の親方」は、小籐次にそっくりだという。

森藩藩主の命により、参勤交代に先行して国許の豊後国を訪れることになった小籐次。

吉原会所の頭取四郎兵衛の傷がようやく癒えた折り、またも吉原が脅威にさらされた。

淀川を襲う激しい嵐から人々を救うため、来島水軍流・剣の舞を天に奉納する小籐次・駿太郎親子。

頭成の湊に着き、森藩の国家老・嶋内と商人・小坂屋の不穏な結びつきを知った小籐次は、ある過去の出来事を思い出した。

さまざまな人生の交差する吉原で二十年余、按摩稼業で身を立てていた孫市が殺害された。

日課の研ぎ仕事に精を出す小籐次親子の前に現れた貧相な浪人。

大切な舟が水漏れするようになったが、金の工面に悩む小籐次。

端午の節句のその日、大門前に立った男女。一年余の京での修業を終え、吉原に戻った神守幹次郎と加門麻であった。

武者修行中の嫡子・空也の身を案じる江戸の坂崎磐音のもとに、長崎会所の高木麻衣から文が届く。

吉原を過去最大の危機が襲う。会所頭取、四郎兵衛の無残な姿。

高齢の四郎兵衛に代わり、廓を御する吉原会所の八代目頭取を誰が継ぐのか。

吉原が遊女らの白無垢の衣装で彩られる八朔の日、当代きっての人気太夫・香瀬川が忽然と姿を消した。

文政９年初夏。太平の世を謳歌する江戸では近頃、貧しい長屋に小銭が投げこまれるという奇妙な事件が続いていた。

天明六年、将軍家治の逝去により、老中・田沼意次が失脚、吉原遊廓は閉門停止となった。

自ら考案した行灯づくりの指南に水戸に行くことになった小籐次。だがなぜか、同行者の中に探検家・間宮林蔵の姿が。

正月を迎えた江戸。

吉原会所を嶋村澄乃と名乗る武家の娘が訪れた。裏同心として働きたいと言う澄乃に、一同は驚く。

女髪結おりゅうの妹で髪結見習いのおきちが不審な客に狙われているという。

安永五年、豊後岡藩の馬廻り役・神守幹次郎は、意に沿わぬ婚姻に苦しむ納戸頭の妻・汀女と出奔した。

虚栄と粋と張りを競い合う吉原が炎上、仮宅商いを余儀なくされた師走。遊女・花蕾が行方を断った。

天明八年の正月、吉原にある引手茶屋の沽券が次々売り渡される事態が発生。

禁裏の刺客・不善院三十三坊を斬った幹次郎。その直後から、禁裏と、ある西国の雄藩の影が祇園の町にちらつきはじめる。

江戸・吉原で、評判の遣手らが不可解な辞職をし、相次いで姿を消した。

大籬の遣手のおしまが首吊りに見せかけて殺された。襟元に菖蒲の花が差し込まれた意味と悲しい顛末とは。

吉原遊廓の裏同心・神守幹次郎は、表向きは謹慎を装い、元花魁の加門麻を伴う修業の旅に出た。

神守幹次郎と汀女が吉原会所に雇われ、一年余が過ぎた。弥生三月、吉原に桜が舞う季節、女たちの想いと生き様が廓を揺るがす。

京での修業先が決まった幹次郎と麻。その新生活は不穏な空気に包まれていた。

汀女の手習い塾に通う遊女に、偽の文を使って客から金子を詐取した疑いがかかる。

子連れの刺客、須藤平八郎を討ち果たし、約定によりその赤子、駿太郎を引き取ることになった赤目小籐次。

日本橋に現れた、誰より走るのが速い若侍。

年が明けた吉原で、客の懐中物や花魁の櫛笄が次々に盗まれる騒ぎが続いた。

花魁・薄墨太夫に驚きの運命が訪れた。 幹次郎と汀女、薄墨改め加門麻は、思いがけぬ新しい生活を始めたのだった。

改築中の尚武館道場に、読売屋の和蔵が訪ねて来た。聞けば、佐野政言が田沼父子を告発する闇読売をばら撒こうとしているらしい。