古文書オタクの黒木鉄生は、大学時代の親友・八重垣志紀に頼まれ、村で発見された「沼神文書」と呼ばれる古文書を解読するために巨人伝説が残る農村を訪れた。

水崎大学数学科に通う神前裕人は、ひょんなことから殺人事件の現場に遭遇。被疑者として警察署に連行されてしまう。