両親の虐待に耐えかね逃亡した少年エリックは、遺伝子研究を行うテニエル博士の一家に保護される。

私立ルピナス学園高等部に通う吾魚彩子は、あるときうっかり密室の謎を解いたばかりに、刑事の姉から殺人事件の推理を強要される。

険しい山々に囲まれた聖マルグリット学園。

“ある難事件”を解決し、安住できる住処を探していた名探偵の兄弟二奈と参たち二人が見つけた激安物件―それは曰く付きアパート青薔薇荘だった。

とある理由から警察を退職し、探偵業で糊口をしのぐ日々を送っていた元刑事・徳永のもとに、かつての上司で今や警視監の井口から、失踪した愛娘の捜索依頼が舞い込む。