生まれたばかりの赤ちゃんがさらわれる事件が、日本橋界隈で相次いだ。

江戸湾にクジラが迷い込んできた。漁師たちが仕留めようとするが、クジラは逃げて行ってしまう。

怪盗・南蛮小僧が江戸の町に現れた。黒船がもたらした蒸気の力で、蔵をこじ開け、中の千両箱を奪い取っていくという。

平穏な江戸の町で、芸者の置屋で寝ていた四人の妓が頭を丸刈りにされた、 町中の洗濯物が物干し竿から盗まれた、犬が屋根に登ったなどと奇妙な事件が南町奉行所に持ち込まれた。

田安徳川家の御曹司でありながら、身分を隠して同心見習いとして働き、江戸の町の平和を守るべく奮闘する徳川竜之助。

浅草寺の裏に地元のやくざが巨大なお化け屋敷をつくった。これが、本物のお化けが出るという噂もあって連日、大にぎわい。

神田界隈で、一家全員が突然、唄い踊り出していなくなるという事件が相次いだ。

悩み苦しむ市井の人々を助けるために、自ら封印していた風鳴の剣を解き放った徳川竜之助。

激闘を経て、柳生新陰流の遣い手、柳生全九郎は姿を消したが、今度は肥前新陰流の刺客が徳川竜之助の身を狙い動き出しているとの噂が届く。

柳生全九郎との決着と引き換えに、致命的な傷を負ってしまった徳川竜之助。

大川の小舟で発見された心中死体は、別々の事件で死んだはずの二人だった。洗い直すと怪しいことばかり。

かつて死闘の果てに打ち破ったはずの宿敵、柳生全九郎が生きていた…。