スパイ暗号クラブの5人が、学校で起こった公金横領事件の謎にいどむ! 楽しかった夏休みが終わり、コーディたちスパイ暗号クラブのメンバー、おジャマじゃマット、テキサスから引っこしてきた双子たちは、そろって中学生になった。

大人気・暗号クラブの新シリーズ!! 夏のキャンプの誘拐事件に挑む! コーディが9か月ぶりにバークレーへ帰ってきた! ふたたび5人がそろった「暗号クラブ」のメンバーは、全員で夏休みの「スパイ養成講座」に参加することに。

ある春の日、校庭のすみにあるカメの銅像が動いていた。 カメの銅像に何があったのか。

夜の学校。プールに放たれた金魚。

ある雪の日。純白の校庭にとつぜんあらわれた巨大なミステリーサークル。

ある夏の夕方。学校の飼育小屋からウサギが消えた。

ネル・ワード博士の専門は生態学。断じて殺人ではない。

1年2組の男子生徒が全員、姿を消した。

「なんかね、すごいのがいるの。かいじゅうみたいなやつ！」 冬休み直前の朝。

コーディは、転校初日に、廊下で奇妙な張り紙を見つける。暗号だと気づいてコーディが解いてみると――。

「島崎、わたしはこの夏を西武に捧げようと思う」中２の夏休み、幼馴染の成瀬がまた変なことを言い出したー。

累計1500万部越えのガリレオ・シリーズから、ジュニア向けに新たに編みなおした、大人気・科学トリックミステリーが誕生。